Esta capilla exenta, panteón de Francisco de los Cobos, secretario universal del Emperador Carlos V y su principal consejero en asuntos de la hacienda imperial, es una obra maestra de Diego de Siloé, en  cuya planta sublima todo el simbolismo funerario que encierra la rotonda como evocación del Santo Sepulcro. El proyecto de Siloé lo ejecutó Andrés de Vandelvira a quien se debe enteramente la Sacristía. El resultado es una Iglesia que está a la altura de la mejor arquitectura italiana del Renacimiento.